Tapaus 1: Takaa-ajon kuolettava lopputulos
Jodie, James ja Shuichi keskustelevat siitä, kuka kolmesta potilaasta, joiden luona Conan kävi aiheuttamassa sekasortoa, on mahdollisesti mustan organisaation jäsen. Shuichi on tullut siihen tulokseen, että Rikumichi Kusuda on heidän etsimänsä mies ja hän päättää yhdessä muiden FBI-agenttien ja sairaalan henkilökunnan avulla saada hänet kiinni.

Pimeän tultua Rikumichi lähtee pois huoneestaan ja hiipii salaa sairaalaosaston kansliaan etsimään tietoa Rena Mizunashin huoneennumerosta. Hän jää kuitenkin kiinni verekseltään, kun toinen sairaanhoitajista huomaa hänet. Kun Rikumichi kysyy miksei sairaanhoitaja sano mitään hänen kamerastaan, Jodie ja muut FBI-agentit tulevat esiin piiloistaan ja käskevät Rikumichiä menemään polvilleen. Hän kuitenkin paljastaa niskatukensa takana olevat muoviräjähteet ja uhkaillen karkaa ulos sairaalasta. Shuichi ja Conan lähtevät yhdessä takaa-ajoon ja saavat kuin saavatkin Rikumichin kiinni. Rikumichi näkee kuitenkin parhaaksi tehdä itsemurhan.


Tapaus 2: Akain menneisyys
Tapaus 3: Kaikki yhden kortin varassa
Tapaus 4: Salatut aikeet
Tapaus 5: Viimeinen oljenkorsi
Tapaus 6: Salainen tehtävä
Mustan organisaation jäsenet suunnittelevat iskevänsä Haidon keskussairaalaan, jossa Renaa piilotellaan. FBI yrittää kuumeisesti miettiä, mitä heidän pitäisi tehdä mustan organisaation suhteen. Ainoastaan Shuichi ei hermoile asiasta vaan on pikemmin iloinen, että organisaatio yrittää hyökätä. James ja Jodie kertovat Conanille, että Shuichi oli toiminut kolme vuotta mustan organisaation hommissa peitenimellä Dai Moroboshi. Ajan kuluessa hän sai arvonimen Rye ja pääsi työskentelemään Ginin parina. Valitettavasti erään FBI-agentin tekemän virheen takia sekä FBI:n että Shuichin aikeet paljastuivat ja hänen oli pakko lähteä organisaatiosta. Conan saa myös tietää sen, että Akemi Miyano oli ollut Shuichin tyttöystävä.

Shuichi seisoo mietteliäänä sairaalarakennuksen katolla ja lukee vanhaa tekstiviestiä edesmenneeltä Akemilta. Conan ilmaantuu myös paikalle ja sanoo Shuichille, että heillä molemmilla liikkuu päässään tismalleen sama ajatus. Myöhemmin Shuichi menee Renan huoneeseen ja vaihtaa vahtivuoroa toisen agentin kanssa. Ei mene kauaakaan kun hänet kutsutaan kriisipalaveriin ja kun ketään ei ole vahtimassa ovea, Eisuke, joka oli piileskellyt salaa sairaalassa, hiipii huoneeseen. Hän yrittää saada Renan hereille mutta ei onnistu siinä. Raivoissaan Eisuke tempaisee esiin sakset ja aikoo puhkaista niillä Renan silmät. Rena kuitenkin herää ja estää Eisukea tarttumalla tätä käsivarresta.

Jodie on ottamassa vastaan heidän uutta vahvistustaan agentti Andre Camelia. Hän osallistuu FBI:n kriisipalaveriin, jossa suunnitellaan Renan siirtoa pois sairaalasta. Kun palaveri on päättynyt, alkaa Haidossa tapahtumia kummia: ravintolan asiakkaat saavat ruokamyrkytyksen, rautatieasemalle tehdään kaasuhyökkäys ja elokuvateatteri sytytetään palamaan. Ihmisiä alkaa virrata massoittain sairaalaan eivätkä agentit pysty millään tarkastamaan heitä kaikkia. Kaiken hälinän keskellä James Blackille osoitettu kukkalähetys alkaa tikittää, ja Conan tajuaa sen olevan pommi. Jodien ja Camelin tehtäväksi jää pommin vieminen sellaiseen paikkaan, jossa se voi räjähtää aiheuttamatta tuhoa ympäristöön. Sillä aikaa Shuichi ja Conan tutkivat muita lähetyksiä, jotka lähetettiin sairaalaan potilaille Rikumichi Kusudan nimellä. Kaikista lähetyksien esineistä löytyy piilotettuja pommeja. Yhtäkkiä sairaalan televisioissa alkaa näkyä uutislähetys, jossa Rena kertoo olevansa jo parantunut ja että hän palaa pian töihin.

Kaikki FBI:n agentit ryntäävät huoneeseen, jossa Rena on. Vasta siellä heille selviää, että musta organisaatio huiputti heitä - televisioissa näkynyt lähetys oli vanha ja että Rena makaa edelleen vuoteessa. Heille myös selviää, että lähetyksien pommeissa oli lähettimiä ja nyt organisaatio tietää tarkalleen, missä huoneessa Renaa pidetään. Gin ja Vodka seuraavatkin tietokoneelta, kuinka FBI:n jäsenet kerääntyvät yhteen ja samaan paikkaan.

FBI:lle ei jää muuta tehtävää kuin turvautua viimeiseen oljenkorteen - he aikovat jakautua kolmeen eri pakettiautoon ja yrittävät näin hämätä organisaatiota. Camel saa kaikkein vaativimman tehtävän sillä juuri hänen pitää yrittää kuljettaa Rena turvallisesti ulos sairaalasta. Jodie ei tähän kuitenkaan suostu vaan yrittää estää Camelia. Camel kuitenkin lyö häntä mahaan ja hän menettää tajuntansa.

Mustan organisaation jäsenet odottavat ulkona valmiusasemissa. Ei mene kauaakaan kun he jo löytävät oikean pakettiauton houkutuslintujen seasta ja yrittävät saartaa sen. Camel menettää auton hallinnan, kun Rena lyö tätä päähän kovalla esineellä ja auto paiskautuu päin teräsaitaa. Rena kompuroi ulos autosta ja toiset jäsenet ovat tyytyväisiä nähdessään hänet. Gin antaa Chiantille käskyn tappaa Camel, mutta ennen kuin Chianti ehtii edes ampua, auto räjähtää heidän silmiensä edessä. Paikalle ilmestyneet ihmiset saavat organisaation jäsenet lähtemään karkuun.

Camel ei kuitenkaan kuollut räjähdyksessä vaan hän hyppäsi ulos autosta viimehetkellä ja raportoi tilanteesta Shuichille ja Conanille.


Tapaus 7: Sisarukset
Jodie on hyvin järkyttynyt siitä, että Rena luovutettiin takaisin mustan organisaation käsiin. Shuichi kertoo, että hän ja Conan tekivät Renan kanssa sopimuksen, jonka avulla organisaatio pitäisi saada ansaan.

Palaamme takaisin tilanteeseen, jossa Eisuke aikoo puhkaista Renan silmät saksilla. Kun Rena estää Eisukea satuttamasta häntä, Eisuke hämmentyy ja tivaa selitystä sille, miksi Renalla on veriryhmä AB, mutta hänen siskollaan on veriryhmä O. Conan astuu esiin piilostaan ja selittää Eisukelle, että Eisukella on itselläänkin veriryhmä AB luuydinsiirron takia. Luuydinsiirto oli ainoa keino pelastaa Eisuke leukemialta ja todisteena tästä on Eisuken rinnassa oleva pienenpieni reikä, josta seurattiin syöpäsolujen tilaa luuytimessä. Conan myös paljastaa Renan olevan CIA:n agentti ja tästäkös Eisuken hämmentyy vielä enemmän. Shuichi astuu huoneeseen ja sanoo Eisukelle, että hänen on parasta olla tietämättä enempää asiasta.

Conan ja Shuichi alkavat keskustella Renan kanssa. Kun Rena kysyy heiltä kuinka he saivat selville sen, että hän kuuluu CIA:han, Conan vastaa, että hänen käyttäytymisensä ja puheensa sekä Vermouthin epäsuora kysymys paljastivat hänen todelliset kasvonsa. Shuichi kertoo Renalle, että he myös tietävät sen, että hänen ja Eisuken isä, Ethan, kuului myös CIA:han ja että Rena tappoi isänsä pieleen menneen tapauksen päätteeksi. Rena muistelee hetken välikohtausta isänsä kanssa ja kysyy lopuksi Shuichilta, minkälainen heidän suunnitelmansa oikein on - hän vastaa, että Renan täytyy palata takaisin organisaatioon.


Tapaus 8: Yllättävä epäilty
Tapaus 9: Perjantai 13.päivä
Tapaus 10: Camelin menneisyys
Tapaus 11: Taikoja tekevä loitsu
Gin, Vodka ja Rena keskustelevat Ginin Porschessa siitä, pitäisikö FBI:tä auttaneille ihmisille tehdä jotain. Rena saa heidät kuitenkin luopumaan eliminointiaikeistaan. Vermouth ajaa heidän ohitse moottoripyörällään ja hän katsoo Renaa hetken silmiin.

Agasa on viemässä Conania, Aita ja etsiväkerholaisia syömään. Asiat eivät kuitenkaan suju niin kuin pitäisi - hotelissa on tapahtunut murha ja itse Andre Camel on joutunut epäiltyjen listalle. Conan kuitenkin keksii keinon, jolla oikea murhaaja saadaan selville… Sillä aikaa muualla Rena on joutunut tukalaan tilanteeseen Ginin kanssa ja ainoa keino osoittaa hänelle ja muille organisaation jäsenille se, ettei hän veljeile FBI:n kanssa, on tappaa Shuichi Akai. Rena soittaa hänelle ja pyytää tätä tapaamiseen syrjäiseen paikkaan. Shuichi saapuu paikalle ja joutuu Renan ampumaksi - nainen on muuttunut viattomasta uutistenlukijasta taas mustan organisaation jäseneksi, Kiriksi.


Takakansi:
"Musta järjestö jatkaa hyökkäystään. He aiheuttavat ruokamyrkytyksen, kaasuiskun ja tulipalon soluttautuakseen sairaalaan, jossa yhtä heidän jäsenistään piilotellaan. Conan ja kumppanit yrittävät silti kaikin keinoin estää heitä sieppaamasta Kiriä!"